曾国藩有些恼羞成怒，甚至开始怀疑张震是不是故意把九江让给发匪，好挫一挫湘军，显得只有百战军才有能力剿灭发匪。

二攻九江开始，而这一次的清军换成了曾国藩指挥的湘军。

塔齐布、胡林翼率部进攻西门，三战皆败，死伤甚众。随后清军发起全面进攻，塔齐布部攻西门，胡林翼部攻南门，罗泽南部攻东门，王国才率兵七百由长江水路登岸攻九华门。

太平军沉着应战，待塔齐布部进抵城西时，众炮齐放，子若飞蝗。清军冒死进攻，奈地险而路曲，难以仰攻，终未得逞。进攻其它各门之敌，也因城上枪炮木石交施，屡次抢登，不能得手于是，曾国藩夺取九江的计划宣告失败。

曾国藩攻九江不下，改取“舍坚而攻瑕”的方针，留塔齐布等部继续围攻九江，派胡林翼、罗泽南等率部进驻梅家洲南八里之盔山，企图先取梅家洲，占领九江外围要点。

太平军守将罗大纲在这里“立木城二座，高与城等，炮眼三层，周围密排；营外木桩、竹签广布十余丈，较之武昌、田镇更为严密；掘壕数重，内安地雷，上用大木，横斜搭架，钉铁蒺藜其上。”

清军分路向梅家洲发起进攻。太平军凭借工事奋勇抗击，毙敌数百人，击退了清军的进攻。

由于清军进攻九江和梅家洲均未得逞，曾国藩等决定改攻湖口，企图凭借水师优势，先击破鄱阳湖内太平军水营，切断外援，尔后再攻九江。

当湘军陆师尚未南渡之际，李孟群、彭玉麟即率湘军水师进抵湖口，分泊鄱阳湖口内外江面。罗大纲鉴于湘军水师占优势，难以力胜，决定采用疲敌战法。

“用小船百余号，或二三只一联，或五只一联，堆积柴草，实以硝药，灌以膏油，分十余起，纵火下放，炮船随之。两岸出队千余人，呼声鼎沸，兼放火箭火球”，对湘军水师实施火攻。由于湘军预有准备，未能取得多大战果。

此后，太平军常以类似战法袭扰和疲惫敌人，使其“彻夜戒严，不敢安枕”。太平军还在鄱阳湖口江面设置木簰数座，四周环以木城，中立望楼。木簰上安设炮位，与两岸守军相犄角，严密封锁湖口，多次击退湘军水师的进犯。