清理佛寺之政的确存在有过度执行的问题。

“剃发！”

凤阳府，有典吏严肃诚竟强行勒令官差将其剃了发，而上报给凤阳知府龚若乐说，查获没有度牒的僧尼若干人，毁私寺私庵若干，龚若乐只为政绩好看，让上面喜欢，也懒得过问那么多，直接按此上报，而严肃诚与麾下官差就这么抢掠了一干百姓的财货而无罪，一时发了不少财。

凤阳巡按御史张文熙闻知不得不上疏弹劾龚若乐，且以胥吏奉行过严、扰民甚重为由，第一个请朝廷及时停止清理佛寺之政。

与此同时。

在凤翔府，因正值大旱大饥之时，所以许多流民在当地寺庵出家务工以食，凤翔知府沈自赓却不顾及现状，也不赈灾，强行毁寺庵，结果激怒百姓，造成有百姓直接蚁聚围攻府城，但因没攻下就流窜到了其他州县，竟因此裹挟起更多流民作乱。

三边总督萧大亨在闻知有大量流民作乱后才查知内情，而因此派人快骑报于了朝廷知道。

在萧大亨报此事的同时，广西道御史其实已提前向朱翊钧奏禀了此事，且直接上疏参劾申时行说：

“元辅申时行为积财于私党，不思赈济，不准地方有司报忧而只令其擅行苛政，以至于得罪菩萨，天降大旱，先是广西饥，后是淮扬地震，数县百姓无家可归，如今凤翔又大饥，去冬京畿亦雨雪不时，灾异频见，咎当在此。”

“故请陛下停其苛政，罢其职，早令有司赈济，而熄天怒！”

而左副都御史张岳也向朱翊钧奏明了地方上许多官吏过度执行的问题，且言道：

“延安府同知石巍强毁寺庵，致使上万百姓无家可归，落草为寇，真宁知县刘衢索贿大户，若不从，诬其宅邸为私庵而毁，一时激起民变，竟致真宁为贼寇所据，而有司不敢奏，怕为权臣不喜！”