这条崭新的贸易航线让荷兰人受到了极大鼓舞，在短短6年时间里，总共有13支远征队共计60多艘船成功抵达香料群岛，并在西爪哇的万丹建立了第一个殖民据点。

1602年，具有部分政府职能的荷兰东印度公司成立，前往香料群岛的船队数量又翻了一倍，陆续打跑了葡萄牙人，占领了安汶和雅加达，控制了巽他海峡。

考虑到雅加达位于巽他海峡的旁边，地理位置十分优越，荷兰东印度公司于1610年决定把此地做为公司在东方的总部，开始建城置总督府，任命总督。

雅加达在葡萄牙人、荷兰人来之前就是座商业港口，特产是胡椒、丁香、肉豆蔻，在当地土著语言里叫做格拉巴。早在12世纪，宋朝海商经常往返于此，用丝绸、瓷器交换香料，并根据此地椰树众多，称之为椰城。

15世纪初，信奉穆斯林的首领打败了想占据此地的葡萄牙人舰队，把格拉巴改为雅加尔达，胜利之城的意思，雅加达的名字就由此而来。

可能是由于口音的缘故，广东海商将此地称为椰加达，福建海商则叫做巴城。但巴达维亚并不是巴城，而是荷兰人祖先的别称，巴达维人，可见他们对这个地方有多在意。

从1610年任命荷属东印度总督至今已有三任，前任总督赫拉德·雷因斯特年事已高，在总督任上退休，已经返回荷兰。